Ông là Trưởng Công tử, con của Nguyên cơ Phùng Thị Tú.

Chính thất: Nguyễn Công Thị Tịnh

Thứ thất: Phan Thị Hứa, Nguyễn Công Thị Tài, Tống Thị Quyền, và Bùi Thị Lý.

Ông Cơ sinh hạ 05 con trai, 02 Vô danh và 05 con gái:

1. Công tôn Hoài Chí, con bà Tịnh. Thọ 23 tuổi.

2. Công tôn Hoài Cân, con bà Tịnh. Thọ 06 tuổi.

3. Công tôn Hoài Thiệu/ Điệu, con bà Tịnh. Thọ 45 tuổi.

4. Vô Danh, con bà Hứa. Thọ 07 ngày.

5. Vô Danh, con bà Tài. Thọ 06 ngày.

6. Công tôn Hoài Dư, con bà Tịnh. Thọ 05 tuổi.

7. Công tôn Hoài Giáp, con bà Tịnh.

8. Công tôn nữ Thị Trang, nhất nương, con bà Tịnh.

9. Công tôn nữ Thị Chiêu, nhị nương, con bà Quyền.

10. Công tôn nữ Thị Tứ/ Thứ, tam nương, con bà Lý. Về sau bà Tứ được gả cho ông Nguyễn Khoa Luận.

11. Công tôn nữ Thị Vân, tứ nương, con bà Lý. Thọ 02 tuổi.

12. Công tôn nữ Thị Trung, ngũ nương, con bà Tài. Về sau bà Trung cũng được gả cho ông Nguyễn Khoa Luận.